Über fünfhundert Jahre davon, bis 1803, diente sie als Verwaltungszentrum der Bischöfe von Chur in Tirol. Die Bischöfe aus dem benachbarten Bündnerland waren in diesem langen Zeitraum nicht nur in geistlicher Hinsicht für die Betreuung des Vinschgaus zuständig. Sie waren auch weltliche Fürsten, und die Fürstenburg verdankt diesem Umstand ihren Namen. Von hier aus wurde der umfangreiche Besitz der Kirchenfürsten im oberen Etschtal und im Münstertal verwaltet, hierher mussten die Geld- und Naturalabgaben der „churischen" Güter geliefert werden. Im Namen der Fürstbischöfe betreuten Schlosshauptleute die Burg. Sie kamen während des gesamten Zeitraums fast ausschließlich aus Bünden und bezogen die Fürstenburg mit ihren Familien. Dabei entwickelten sich vielfältige freundschaftliche und familiäre Verflechtungen mit der einheimischen Bevölkerung, ein Umstand, der sich z. B. für die Einwohner von Burgeis besonders während der für den Vinschgau so folgenschweren Kriegsjahre 1499 und 1799 als glückliche Fügung erwies.

Natürlich verbrachten auch mehrere Fürstbischöfe z. T. lange Jahre auf ihrer Burg in Tirol, insbesondere nachdem sie durch die Reformation in Bünden im 16. Jahrhundert einen großen Teil ihrer Diözesanen und beinahe alle ihre weltlichen Besitzungen verloren hatten. Die Churer Oberhirten waren allerdings keineswegs immer im ungestörten Besitz der Fürstenburg: Mehrfach wurde sie von tirolerischer Seite belagert und auch erobert, ebenso von Gegnern des Bischofs aus dem Bündner Raum. Es kam vor, dass der Kirchenfürst aus seiner eigenen Burg ausgesperrt wurde und auch, dass er darin eingeschlossen oder gefangen gesetzt war. Nach der Säkularisierung von 1803 fiel die Fürstenburg an die österreichische 

Regierung, die sie aber schon 1805 (Tirol fällt an Bayern) dem bayerischen Staat überlassen musste.

Die bayerische Regierung machte die Burg zum Sitz eines Rentamtes, und auch nach der Rückkehr zu Österreich 1814 blieb das Gebäude bis 1850 Rentamtssitz. In den folgenden Jahren stand es zumeist leer. 1859 ersteigerte die Gemeinde Burgeis die Burg, verkaufte sie aber bereits 1883 an das Benediktinerstift Marienberg, dem sie noch heute gehört. Seit 125 Jahren ist die Fürstenburg somit wieder in geistlichem Besitz. Die zentrale Frage nach einer zweckmäßigen Verwendung konnte in Zusammenarbeit mit der Südtiroler Landesregierung gelöst werden: Seit 1952 als Sitz der landwirtschaftlichen Schule ist das Gebäude einer sinnvollen Nutzung
zugeführt worden.

DDr. Mercedes Blaas